Історія Університету економіки і підприємництва розпочалася у 1993 році як Хмельницький економічний філіал Одеського інституту підприємництва і права під керівництвом кандидат педагогічних наук, доцента Капітанця Олександра Миколайовича. За час свого існування він пройшов складний шлях розвитку від маленького економічного інституту до університету.
У січні 1997 року комісією Міністерства освіти України була перевірена діяльність Хмельницького інституту економіки і підприємництва на предмет виконання ним умов ліцензування та його спроможності щодо збільшення ліцензованого обсягу набору з існуючих спеціальностей. Було зроблено позитивні висновки з усіх перевірених питань.
03 квітня 1997 року рішенням Державної акредитаційної комісії Міносвіти України збільшено ліцензований обсяг для підготовки за ІІІ рівнем акредитації спеціалістів з напряму 0501 «Економіка і підприємництво» за спеціальністю 7.050107 «Економіка підприємства» та за напрямом 0502 «Менеджмент» із спеціальності 7.050201 «Менеджмент у виробничій сфері.
У червні 1999 року Державною акредитаційнаою комісією Міністерства освіти України акредитувано підготовку спеціалістів з економіки підприємства.
В 2000 році акредитовано спеціальність 6.050200 «Менеджмент організацій».
17 травня 2001 року інституту видано сертифікат про акредитацію підготовки фахівців за ІІІ рівнем акредитації з напряму 0502 «Менеджмент» за спеціальністю 7.050201 «Менеджмент організацій».
Реалізуючи положення Концепції безперервної ступеневої системи вищої освіти, інститут на базі відділення підготовки молодших спеціалістів із 2000 року розпочав підготовку фахівців освітньо-кваліфікаційного рівня «молодший спеціаліст» на основі базової загальної середньої освіти з напряму 0501 «Економіка і підприємництво» за спеціальностями: 5.050107 «Економіка підприємства» та 5.050111 «Бухгалтерський облік».